
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康碱化遮盖蛋清组学产品,实现1000+玄之又玄度绘制位点排除,不稳重新经曲靶点,全座向生信定性分析解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“会发现”到“验证通过”全过程服務,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、实验所方法
02、评测数据显示
03、经“点”逆转
在测量数据分析中,检测多种期刊论文中新闻的经典传奇靶点与衣康酸装饰位点,如最个被看见的衣康酸共价装饰淀粉酶质KEAP1,也有糖酵解径路中的3个要点酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,与炎性小体组合淀粉酶质NLRP3和神经元细胞坏死工作中的要点淀粉酶质RIPK3等,其质谱图下面的图如图。
04、设备亮点
1.各种方面质控
商业圈化特男人探头孵育、SDS-PAGE探测、WB效验、模本涉及到的性解析等多方面位探测,为了确保活动效果可信度性。2.高质量方面质谱议器软件平台
在Orbitrap Astral全新那代高判定质谱仪支持下,改变衣康酸性反应呈现位点及球蛋白签定新的深度,助推器有效设计科学新发现了。3.全环节一坐式服务项目
特征提取拜谱生物制品改善的测试保障平台,可可以提供“组织细胞养成→检查器孵育→WB检查→玄之又玄度衣康酸性反应呈现检查→专属密码生信解析→某个位点PRM认可”全操作流程保障,省时省钱更干净省心。05、解析文章(部份)
06、利用导向
PART 2、文章转发
文献资料一
用英语名称:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
常常宝贝标题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
科学研究內容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
论文资料二
因为微信标题:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
繁体中文标题格式:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
探索相关内容:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、拜谱生物衍生品理念
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13有着强些的底物切合效果,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱菌物衣康硝化作用表达组测评数据表格中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康酸性反应体现(如表图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱个人心得体会
是 TCA间歇中的间基础分解代谢转化物,衣康酸调基础分解代谢转化、免疫系统细胞检测和真菌感染彼此之间的彼此效应,为控制免疫系统细胞检测真菌感染性病症打造了代用控制策咯。衣康酸设备构造的中的亲电性α,β-不趋于稳定羧酸设备构造的能对球核苷酸上的活性酶半胱氨酸残基通过烷基化淡化(迈克尔暴击伤害化学反应),这个翻譯后淡化被叫作“衣康酸淡化(itaconation)”,以求关系球核苷酸功效,控制免疫系统细胞检测回话和基础分解代谢转化经过,为很多种病症治疗药物产品开发打造新方法。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康硝化作用呈现球蛋白组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物医学界决对化学发光法靶点分泌组(QMT1000)或卡路里排泄靶点排泄组类产品对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
参看论文资料
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.