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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表明出宽泛的生物学活力，有抗癌肿和抵抗毒功用。大部分，三萜是进行甲羟戊酸前提条件人工的，并从非人工苔藓植物和真菌感染中领取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊登了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的调查论文范文。该调查表明三萜类有机化合物虫草酸（GA）是实现全自动陪养的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微生态学生成发生的。顺利通过转录组和蛋清质组学能力进的一步不断探索无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT发生几种野生灵芝粉酸（GA）的策略，并只能根据多个学能力测量到的相互影响遗传基因和相互影响蛋清，猜测DHT 微生态学结合 GA 的方式。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和功能表各类

实现对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体采取转录组测序共到67230个转录本和1429九个单什么是表观遗传。在他们单什么是表观遗传中，49二个被评定为差距把你想呈现出来什么是表观遗传（DEGs），另外213个把你想呈现出来上涨，279个把你想呈现出来降低（图1A）。GO含有阐述后，DEGs分成微生物的期间（BP）、生殖体细胞成分表（CC）和团伙的功能（MF）3类。在BP分类中，发现了前二个子分类：四环素溶解排泄的期间，乙酸盐排泄的期间和甲酸盐排泄的期间;而在CC分类中，生殖体细胞外区、突触和好体、突触结构类型是前二个亚类。我们对MF分类，甲酸脱氢酶（NAD）渗透性、被氧化展现酶渗透性和酸氨（或酰胺）进行连接酶渗透性是前二个亚分类（图1B）。在DEGs的KEGG径路阐述中，前30条含有度比较高的径路中含27条都属于排泄，另外二氧化氮排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐排泄、丙酸盐排泄卫星信号径路不错含有（图1D）。

图1|转录混合物析和能力的分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

根据对无柄灵芝粉细菌菌丝体采取核核淀粉酶酶酶质组学讲解，一共明确了16,457种鲜明肽、2606种核核淀粉酶酶酶质和2588种酶联免疫法核核淀粉酶酶酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的挑选情况下，在这一2606种核核淀粉酶酶酶质中，94种被认定为不同之处理解核核淀粉酶酶酶（DEPs），另外52种调涨，42种下跌（图2A），图2C显视了不同之处理解核核淀粉酶酶酶的聚类做介绍法讲解热图。从GO讲解来瞧，BP等级分类显视，大基本上数DEPs参与性冰醋酸盐排泄期间、抗生素类可分解的排泄期间和用药可分解的排泄期间。CC类DEPs在受损体血生殖细胞外区、过腐蚀物酶体和微体中占有比率高，腐蚀还原成酶特异性酶类和甲酸脱氢酶（NAD）特异性酶类在MF类中DEPs的比例图高（图2B）。与转录组成果类同，KEGG环路讲解显视，很多DEPs在排泄中丰度，另外3条最丰度的途经是光合菌物中的碳紧固、碳排泄和MAPK信号灯环路（图2D）。于此，根据讲解GO数据表格库的CC对DEPs采取亚受损体血生殖细胞定性分析讲解和注脚（图2E），DEPs最常见区域划分在受损体血生殖细胞质（40.66%）、受损体血生殖细胞（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论与实践上是GAs菌物制成的最常见地理位置。

图2|核营养物质组的定量概述概述和效果安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

糊口物还原成和比较组待选DEGs和DEPs做了维恩图，有20个差异化展现DNA（图3A）。对转录组和核胆固醇组中E组和C组有的DEGs/DEPs使用聚类浅析浅析，发现mRNA和核胆固醇之中有17个上浮DNA和7个调低DNA，DEGs两者内翻意的DEPs展现的水平呈正关联，系统设计Pearson的关联公式浅析，在转录组和核胆固醇组之中检验到取决于较高的关联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）判断最终后果信息显示，E组和C组17个DEGs的把你想抒发出来平均水平差别的强势，这里面9个为调整DEGs，二个为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的把你想抒发出来现象与转录多组分析最终后果同样。

图3|球脂肪酸组的一定量分析一下和性能校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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